พระองค์ประสูติเมื่อปี พ.ศ. ๒๒๗๖ พระชนกพระนามว่า เส็ง พระชนนีพระนามว่า จีบ ในรัชสมัยพระเจ้าอยู่หัวบรมโกษฐ์ แห่งกรุงศรีอยุธยา เมื่อเจริญวัยพระองค์ได้ทรงบรรพชากับท่านขรัวตาทอง ที่วัดท่าหอย โดยพระองค์ท่านได้ทรงศึกษาพระกรรมฐานมัชฌิมา แบบลำดับ เป็นครั้งแรก หลังจากนั้นประมาณ ๕ พรรษา ทรงลาสิกขาออกมาเพื่ออุปัฏฐากพระชนกพระชนนี
เมื่อปี พ.ศ. ๒๒๙๗ พระชนมายุครบบวช พระองค์ได้ทรงอุปสมบทที่วัดโรงช้าง โดยมีพระครูรักขิตญาณ(สี) เป็นพระอุปัชฌาย์ ได้รับการถวายพระนามว่า พระปุณณะปัญญาภิกขุ ที่นี่พระองค์ได้ศึกษาพระกรรมฐานมัชฌิมาฯ กับพระอาจารย์ใหญ่ คือ พระพนรัต (แก้ว) วัดป่าแก้ว และได้ทรงศึกษาพระปริยัติธรรมที่วัดราชาวาสจนมีความรู้แตกฉาน ล่วงไป ๗ พรรษาท่านได้รับนิมนต์กลับมาจำพรรษาที่วัดท่าหอย และได้ทรงรับเป็นพระอธิการวัดท่าหอยในปีนั้นเอง
เวลาล่วงไป ๒ แผ่นดิน เมื่อปี พ.ศ.๒๓๒๖ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้โปรดให้นิมนต์พระองค์ท่านมายังกรุงเทพฯ ด้วยพระองค์ทรงเป็นเคยพระอาจารย์ของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ตั้งแต่ยังอยู่ที่วัดท่าหอย ได้จำพรรษาที่วัดพลับ(วัดราชสิทธาราม) ซึ่งเป็นวัดสำคัญฝ่ายอรัญวาสีของกรุงธนบุรีมาแต่เดิม โดยให้เป็นที่พระญาณสังวรเถร
สมเด็จพระสังฆราช (สุก) ทรงเป็นที่ทรงเคารพนับถือเป็นอันมากของพระบรมราชวงศ์มาแต่ครั้งรัชกาลที่ ๑ และรัชกาลที่ ๒ ปรากฏนามพระญาณสังวรเถร เป็นพระกรรมวาจาจารย์แทบทุกพระองค์ ทำให้การศึกษาพระกรรมฐานฯ ในยุคของพระองค์ท่านรุ่งเรืองมาก พระองค์จึงได้ทรงวางรากฐานการศึกษาพระกรรมฐานมัชฌิมา แบบลำดับ ไว้อย่างมั่นคงเป็นปึกแผ่นสืบมา
พระองค์ได้รับ สถาปนาเป็นสมเด็จพระญาณสังวร เมื่อปี พ.ศ.๒๓๕๙ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย และได้รับสถาปนาเป็นสมเด็จพระสังฆราชในอีก ๔ ปีต่อมา คือในปี พ.ศ.๒๓๖๓ ทรงเป็นสมเด็จพระสังฆราชอยู่ ๑ ปีกับ ๑๐ เดือน ก็สิ้นพระชนม์ เมื่อวันพฤหัสบดี เดือน ๑๐ ขึ้น ๑๓ ค่ำ ปีมะเมีย พ.ศ.๒๓๖๕ มีพระชนมายุได้ ๙๐ พรรษา พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย พระราชทานพระโกศทองใหญ่ให้ทรงพระศพ หลังพระราชทานเพลิงพระศพแล้ว ได้โปรดให้ปั้นพระรูปบรรจุพระอัฐิประดิษฐานไว้ในกุฏิกรรมฐานหลังหนึ่งบริเวณ ด้านหน้าพระอุโบสถวัดราชสิทธาราม เพื่อเป็นที่ทรงสักการะบูชาตลอดจนสานุศิษย์และผู้เคารพนับถือ สืบมาจนกระทั่งทุกวันนี้. ครั้งหนึ่ง
สมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสีท่านได้ร่ำเรียนจนสำเร็จวิปัสสนาญาณกรรมฐานชั้นสูง ท่านก็ได้มีอาจารย์อยู่คนหนึ่ง อาจารย์คนนั้นท่านผู้อ่านอาจจะนึกเดาถูก นั่นคือ สมเด็จพระสังฆราชสุกไก่เถื่อน เหตุที่เรียกว่าสังฆราชสุกไก่เถื่อน เพราะมีไก่ป่า ท่านสังฆราชเอามาเลี้ยงจนเชื่องเล่นกันได้ จึงได้ฉายาว่าสังฆราชสุกไก่เถื่อน พระสังฆราชนั้นเป็นอาจารย์ของสมเด็จโต พร่ำสอนวิชาต่าง ๆ ให้จนสมเด็จโตเก่งแตกฉานทุกอย่าง สม้ยนั้นสมเด็จพระสังฉราชสุกไก่เถื่อนได้สร้างพระสมเด็จวัดพลับขึ้นมาปลุก เสกเอง ซึ่งสมเด็จโตก็รู้ จากนั้นมาไม่นาน ท่านสมเด็จโตก็ได้มาเป็นเจ้าอาวาสวัดระฆัง
จากการที่ได้รับยศเป็นถึงสมเด็จนั้น ท่านจำไจยอมรับ เพราะตอนนั้นในหลวงเป็นเจ้าฟ้า ซึ่งหลีกเลี่ยงไม่ได้ เพราะฟ้านั้นปกคลุมพื้นดินไปหมด จะหนีฟ้าก็ไม่พ้น แต่ถ้าเป็นเจ้าแผ่นดินสมเด็จโตท่านมีความรู้ย่อมหนีพ้นจึงไม่รับยศ หนีออกนอกแผ่นดิน โดยเดินธุดงค์ไปหลายเดือนเพื่อหนียศ แต่นี่กษัตริย์เป็นยศถึงเจ้าฟ้าไม่พ้นจึงจำใจรับยศสมเด็จ และเป็นเจ้าอาวาสตั้งแต่นั้นมา ขณะนั้นเองเหตุการณ์ต่าง ๆ ที่แปลกแหวกแนวพิสดารมากมายตลกขบขันก็มีเกิดขึ้นบ่อย ๆ อาทิเช่น มีฝรั่งต่างชาติรู้ข่าวว่าท่านสมเด็จโตเก่งอัจฉริยะ จึงลองภูมิปัญญาท่านสมเด็จโตว่า "จุดศูนย์กลางของโลกอยู่ตรงไหน?" ท่านสมเด็จตอบฝรั่งไปว่า "จุดศูนย์กลางของโลกนั้นอยู่ทุกหนทุกแห่งบนพื้นผิวโลก ไม่ว่าฉันจะไปยืน ณ ที่ใดตรงนั้นคือจุดศูนย์กลางของโลก " ฝรั่งถามว่า ท่านพิสูจน์ให้เห็นได้ไหม ? ท่านสมเด็จตอบว่า "ฉันพิสูจน์ได้แล้วท่านจะว่าอย่างไร "ฝรั่งไม่ตอบ จากนั้นสมเด็จโตก็ถือตาลปัตรมือหยิบสายสิญจน์แทนเชือก เอาสายสิญจน์ผูกที่ตาลปัตรเอาตาลปัตรปักดินแลังดึงเชือกสายสิญจน์ให้ตึง กางออก ใช้ปลายนิ้วแทนดินสอ จากนั้นก็ลากลงบนพื้นดินเป็นวงกลม ท่านสมเด็จบอกว่า วงกลมคือโลก เพราะฉะนั้นฉันยืนอยู่จุดศูนย์กลางของโลกตรงจุดที่ตาลปัตรปักดินนั้นแหละ
เมื่อเป็นเช่นนี้ฝรั่งยอมแพ้กลับไป ยังมีอีกหลายเรื่องที่ท่านสมเด็จโตย่อมรู้กาลเวลาอนาคตมีครั้งหนึ่ง หญิงจีนมาขอหวยท่านสมเด็จโต แอบมานัดกับเด็กวัดโดยแนะให้ขึ้นไปคุยกับท่านสมเด็จโตบนกุฏิให้เด็กวัดชวน พูดแล้วบีบนวดไป จากนั้นเด็กวัดก็ถามท่านสมเด็จโตว่า "ท่านตา ท่านตา หวยงวดนี้มันจะออกอะไร " เมื่อท่านสมเด็จโตได้ยินดังนั้น ท่านก็ตอบว่า ข้าตอบไม่ได้โว้ย เดี๋ยวหวยของข้าจะรอดร่อง ขณะนั้นก็บังเอิญอาเจ็คคนนี้แกแอบอยู่ใต้ถุนกุฏิแกแอบได้ยินสมเด็จโตพูด อย่างนั้นก็เปิดแน่บไปเลย
